Je pense que les relargages de la fosse doivent être plus dus à la surcharge hydraulique qu'à la pollution chimique, l'action primaire d'une fosse étant une simple décantation, la digestion des boues n'intervenant qu'en second lieu pour réduire leur volume. Ou alors c'est que la fosse aurait du être vidangée plus régulièrement.
Pour le traitement, les boues activées sont normalement plus sensibles aux polluants chimiques que les filtres (sable, planté,...). L'épandage a du être rendu HS par les relargages (pas de préfiltre ?) plutôt que par les produits chimiques. (S'il y avait eu problème de pollution chimique, les bactéries ne serait pas développées, et on aurait eu des problèmes de rendements - pas d'actions biologiques, actions physico-chimiques uniquement - mais pas un colmatage du filtre).
Pour la meilleure solution, je ne sais pas. Voir s'il y a des études spécifiques sur les eaux industrielles (parce que le chlore et l'iode, c'est plus des polluants industriels que des polluants agricoles).