Moi j'autoriserais après avoir vu les bases de dimensionnement et vérifier que le supplément de pollution reste dans les limites du dispositif (normalement la pollution domestique devrait être plutôt négligeable par rapport à la celle de la stabulation).
Au niveau réglementaire, article L1331-1-1 du code de la santé publique :
"Cette obligation ne s'applique ni aux immeubles abandonnés, ni aux immeubles qui, en application de la réglementation, doivent être démolis ou doivent cesser d'être utilisés,
ni aux immeubles qui sont raccordés à une installation d'épuration industrielle ou agricole, sous réserve d'une convention entre la commune et le propriétaire définissant les conditions, notamment financières, de raccordement de ces effluents privés."
Vu que le propriétaire de l'immeuble est celui de l'installation, la convention devrait pouvoir se faire facilement

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Concernant le fonctionnement, il y a souvent beaucoup de morceaux dans un lisier de stabulation (paille mal digérer) donc la fosse toutes eaux en entrée de filtres sert beaucoup (charge moyenne : 5 grammes pour litres de DCO, 500 mg d'azote Kedjal, soit environ 5 à 10 fois plus que des eaux usées domestiques).